La tutelle est exercée par la direction générale de la Mondialisation, direction de la diplomatie culturelle, éducative, universitaire et scientifique, Mission Langue française et enseignement. 

Concrètement, cette tutelle s'exerce via :

• Le contrat d’objectifs et de moyens de l’AEFE, pluriannuel (trois ans), signé avec la tutelle. 

  Celui-ci a 4 axes principaux : accroître l’attractivité de l’enseignement français pour attirer de nouveaux publics ; renforcer le rôle de l’Agence au service du développement du réseau ; développer le rôle de l’Agence comme acteur de la coopération éducative ; adapter le fonctionnement de l’Agence pour répondre aux défis du développement de l’enseignement français à l’étranger.
  

• La participation de représentantes et représentants du ministère de l'Europe et des affaires étrangères au conseil d'administration de l’Agence.
   

Le ministère de l'Europe et des affaires étrangères a défini une feuille de route de l'influence de la diplomatie française.

"Dans un monde de compétition à outrance, où tend à s’effacer la frontière qui naguère encore séparait le soft power des expressions traditionnelles de la puissance, il y avait urgence à repenser le sens, les finalités et les outils de notre diplomatie culturelle et d’influence."

L'AEFE et le réseau des établissements d'enseignement français à l'étranger sont au coeur de cette stratégie en tant que diffusant la langue et les valeurs françaises, au côté d'autres opérateurs sous tutelle de ce ministère, notamment l'Institut français et Campus France.