Tous les établissements homologués sont ouverts aux enfants français résidant hors de France et peuvent accueillir des élèves d'autres nationalités. Ils respectent les programmes applicables dans les établissements d’enseignement public français et préparent aux mêmes examens et diplômes que ceux-ci. L’homologation garantit à la fois la conformité au modèle éducatif français et la qualité de l’enseignement dispensé.

Un élève issu d'un établissement homologué peut poursuivre sa scolarité sans examen préalable dans un autre établissement homologué (dans la limite des places disponibles toutefois) ou dans un établissement public en France. Enfin, l’homologation de ces établissements permet aux élèves français qui y sont scolarisés d’être éligibles (sous conditions de ressources) aux bourses scolaires.

Cette homologation n’est pas acquise à titre définitif et les établissements concernés doivent régulièrement se soumettre à une procédure de vérification du respect des critères cités. L'Agence est en charge de l'accompagnement de l'instruction des dossiers d'homologation et du suivi de cette homologation.

Les établissements homologués entretiennent des relations étroites avec l’AEFE. L'Agence affecte des personnels aux établissements qu'elle gère directement (EGD) ainsi qu'aux établissements conventionnés, pas aux établissements partenaires. Elle ouvre les dispositifs de formation des personnels et apporte des services d’ingénierie pédagogique, de conseils en gestion et de gouvernance, d’orientation scolaire, d’utilisation de services et d'outils à l'ensemble des établissements du réseau de l'enseignement français à l'étranger (EFE), quel que soit le statut de l'établissement homologué.

Les établissements en gestion directe (EGD)

Les EGD sont constitués en services déconcentrés de l’AEFE. Ils sont dotés d’un ordonnateur secondaire, le chef ou la cheffe d'établissement, et d’un ou une comptable secondaire. Ils sont des composantes de l’établissement public et leur budget est agrégé chaque année à celui de l’AEFE. L’Agence leur accorde des subventions et rémunère les personnels titulaires qui y exercent.

Les établissements conventionnés

Ces établissements sont gérés par des associations ou fondations de droit privé, français ou étranger, et ont passé une convention administrative, financière et pédagogique avec l’AEFE. Cette convention porte notamment sur les conditions d’affectation et de rémunération d'agents titulaires de l’Éducation nationale et sur l’attribution de subventions. Ces établissements entretiennent avec l’AEFE un dialogue de gestion constant.

Les établissements partenaires

Ces établissements sont également gérés par des organismes de droit privé, français ou étranger, et ont signé un accord de partenariat avec l’Agence. Les personnels de ces établissements ne sont pas recrutés par l'AEFE mais ont pleinement accès aux dispositifs de formation continue mis en place par l'AEFE pour les personnels exerçant dans le réseau. Un protocole d’entente a été signé avec la Mission laïque française (MLF) concernant les établissements partenaires suivis par la MLF.

Chaque établissement homologué, partie prenante du réseau d'enseignement français à l'étranger (EFE), est intégré à une zone d'un institut régional de formation.

Il existe seize zones dans le réseau. Dans chacune d'entre elle, un institut régional de formation (IRF), basé dans un établissement EGD ou conventionné, permet, selon des principes de gouvernance inclusifs, la structuration de projets de zone et un déploiement de l'offre de formation des personnels au plus près des besoins.

Les seize zones et IRF:

• Zone Afrique australe et orientale (ZAAO)  > IRF au Lycée français Jules-Verne de Johannesburg (Afrique du Sud)
• Zone Afrique centrale (ZAC)  > IRF au Lycée français de Lomé (Togo)
• Zone Afrique occidentale (ZAO)  > IRF au Lycée français Jean-Mermoz de Dakar (Sénégal)
• Zone Amérique du Nord  > IRF au Collège international Marie-de-France (Montréal, Canada)
• Zone Amérique latine Nord (AMLANORD)  > IRF au Lycée français Louis-Pasteur de Bogota (Colombie)
• Zone Amérique latine Sud (AMLASUD)  > IRF au Lycée Jean-Mermoz de Buenos Aires (Argentine)
• Zone Asie Pacifique > IRF au Lycée français Alexandre-Yersin de Hanoi (Viet Nam)
• Zone Europe centrale et orientale (ZECO)  > IRF au Lycée français Jean-Renoir de Munich (Allemagne)
• Zone Europe du Nord-Ouest et scandinave (ZENOS)  > IRF au Lycée français Jean-Monnet de Bruxelles (Belgique)
• Zone Europe du Sud-Est (ZESE)  > IRF au Lycée Chateaubriand de Rome (Italie) 
• Zone Maghreb Est  > IRF au Lycée Pierre-Mendès-France de Tunis (Tunisie) 
• Zone Maroc  > IRF au Lycée Descartes de Rabat (Maroc) 
• Zone Moyen-Orient  > IRF au Lycée Louis-Massignon d'Abu Dhabi (Émirats Arabes Unis) 
• Zone Océan Indien   > IRF au Lycée français de Tananarive (Madagascar)
• Zone Péninsule Ibérique    > IRF au Lycée français de Barcelone  (Espagne)
• Zone Proche-Orient > IRF au Collège protestant français de Beyrouth  (Liban)