La direction générale de l'AEFE est composée d'une directrice générale, Claudia Scherer-Effosse, et d'un directeur général adjoint, Jean-Paul Négrel. La directrice générale recrute, affecte et gère l’ensemble des personnels de l’Agence sur lesquels elle a autorité. Elle est également ordonnatrice principale des dépenses et des recettes de l’Agence. Dans le cadre du budget de l’AEFE approuvé par le conseil d’administration, elle notifie les budgets des établissements en gestion directe (EGD) ou des groupements de gestion d’établissements. La directrice générale conclut les contrats et les conventions. Le directeur général adjoint la seconde et assure la mission d'officier de sécurité de l'opérateur.

Un secrétariat général travaille aux côtés de la direction générale, composé d'une secrétaire générale, Clotilde Fayet, et de deux secrétaires générales adjointes, Madeleine Clanet et Raphaëlle Dutertre. Le secrétariat général est chargé de la mise en œuvre de la politique menée par l’Agence. Dans ce cadre, il organise et coordonne l’action administrative. Il initie les procédures de gestion et s’assure de leur application. Il dirige, sous l’autorité de la directrice générale, l’ensemble des services centraux et s’assure de leur parfaite coordination. La secrétaire générale, secondée par deux secrétaires générales adjointes, concourt à l’élaboration, la mise en cohérence et la validation des orientations fixées par la directrice générale, ainsi qu’à celle des documents administratifs réalisés par les services de l’Agence. Elle participe à l’étude, l’analyse et la gestion des dossiers traités par la direction générale, ainsi qu’à l’élaboration des outils d’aide à la décision. Elle pilote les réponses aux sollicitations institutionnelles (rapports, audits…) et aux demandes des organismes extérieurs. Pour l’accomplissement de ses missions, sont placés sous son autorité directe plusieurs services transversaux : le service des affaires générales, le service des affaires juridiques, le département des systèmes d’information, la cellule audit et la cellule du contrôle de gestion et des données statistiques.

Le service des relations extérieures, placé auprès de la directrice générale et sous l’autorité hiérarchique de la secrétaire générale, est quant à lui composé de trois conseillères, et de leurs collaborateurs et collaboratrices. Ces derniers travaillent en étroite collaboration avec l’ensemble des directions. Ce service définit la politique de communication de l’Agence, gère les relations institutionnelles (en particulier avec les élus) et la politique de sécurité de l’AEFE et du réseau. Il met également en place des formations à destination de référentes et référents partout dans le réseau. 

L’organisation interne de l’AEFE est resserrée autour de quatre directions : 

1) la direction des ressources humaines du réseau  (DRH réseau), pour la gestion des personnels, l’administration suivi, la formation ; 

2) la direction des affaires financières (DAF), en charge du budget, de la commande publique, du dialogue de gestion avec les établissements en gestion directe ;

3) la direction du développement et de l’accompagnement du réseau (DDAR), pour accompagner la volonté de développement du réseau, regroupant les secteurs géographiques, le service de l’appui et du développement du réseau, les sous-directions de l’immobilier et de l’aide à la scolarité ;

4) la direction de l’enseignement, de l’orientation et de la formation (DEOF), direction regroupant les bureaux du pilotage et de l’homologation des établissements, de la formation et de l’innovation, du parcours des élèves et de l’orientation et des événements et de la valorisation du réseau. 

Une agence comptable principale est assignataire des dépenses et des recettes des services centraux. Elle centralise les comptes des établissements placés en gestion directe auprès de l’AEFE. Dans l’exercice de ses attributions de comptable public, et uniquement dans ce cas, l’agente comptable principal dispose d’une indépendance non seulement à l’égard de la direction générale, mais également à l’égard de l’autorité qui l’a nommé. 

Par ailleurs, l’agente comptable principal a un rôle de conseil et d’alerte auprès de la direction générale en matière financière et comptable. L’agence comptable principale de l’Agence, qui anime et pilote également les agents comptables secondaires du réseau des EGD, rend compte à la directrice générale de ses missions financières et comptables.