Afin de créer des initiatives conjointes aux établissements et toujours plus "faire réseau" mais aussi pour amplifier les communications qui seront menées sur les actions innovantes réalisées en établissements, l'AEFE a décidé de définir des années thématiques pouvant être un fil conducteur pour l'Agence et pour les établissements qui souhaitent s'y inscrire. 

Dans le cadre de la mobilisation continue de l’AEFE en faveur du bien-être et de la réussite de tous les élèves, l’année scolaire 2026-2027 est placée sous le thème : « Promouvoir, prévenir, accompagner : agissons ensemble pour notre santé ! »

De nombreuses thématiques ont guidé les activités de l'AEFE et des établissements du réseau. Parmi les années thématiques récentes : 

• 2025-2026 : Année de l'intelligence artificielle
• 2024-2025 : Année de la francophonie
• 2023-2024 : Année du sport
• 2022-2023 : Année de l'éducation aux médias et à l'information
• 2022-2021 : Année de l'éducation au développement durable

Les principaux événements et initiatives fortes portées par l'AEFE s'inscrivent dans ces thématiques annuelles, destinées à créer une dynamique commune en valorisant un axe éducatif d'importance. À cette occasion, l'Agence met à disposition de tous les établissements du réseau des kits de communication adaptés.