En remplacement des anciens « établissements mutualisateurs », les instituts régionaux de formation (IRF), qui coordonnent les projets de zone, doivent permettre de répondre aux besoins accrus en formation suscités par la dynamique de développement du réseau. Ils apportent un renfort quantitatif et qualitatif à la formation au bénéfice de tous les personnels.

Basés dans l’un des établissements de la zone, les IRF gèrent les moyens déconcentrés de l'AEFE et les moyens mutualisés de leur zone au service des établissements et dans le respect des règles établies par l’Agence.

Dans un souci de transparence renforcée pour les contributeurs, ils sont dotés de deux instances :

• le conseil pédagogique et scientifique (CPS), qui élabore la politique de formation et de développement professionnel des personnels en articulant les besoins exprimés par les établissements, au sein des cellules de formation, et les orientations de l’AEFE ;
• le conseil des affaires administratives et financières (CAAF), instance de dialogue et de décision, ouverte à tous les acteurs du monde éducatif de la zone, qui valide et met en œuvre le plan régional de formation des personnels.

• Zone Afrique australe et orientale (ZAAO)  > IRF au Lycée français Jules-Verne de Johannesburg (Afrique du Sud)
• Zone Afrique centrale (ZAC)  > IRF au Lycée français de Lomé (Togo)
• Zone Afrique occidentale (ZAO)  > IRF au Lycée français Jean-Mermoz de Dakar (Sénégal)
• Zone Amérique du Nord  > IRF au Collège international Marie-de-France (Montréal, Canada)
• Zone Amérique latine Nord (AMLANORD)  > IRF au Lycée français Louis-Pasteur de Bogota (Colombie)
• Zone Amérique latine Sud (AMLASUD)  > IRF au Lycée Jean-Mermoz de Buenos Aires (Argentine)
• Zone Asie Pacifique > IRF au Lycée français Alexandre-Yersin de Hanoi (Viet Nam)
• Zone Europe centrale et orientale (ZECO)  > IRF au Lycée français Jean-Renoir de Munich (Allemagne)
• Zone Europe du Nord-Ouest et scandinave (ZENOS)  > IRF au Lycée français Jean-Monnet de Bruxelles (Belgique)
• Zone Europe du Sud-Est (ZESE)  > IRF au Lycée Chateaubriand de Rome (Italie) 
• Zone Maghreb Est  > IRF au Lycée Pierre-Mendès-France de Tunis (Tunisie) 
• Zone Maroc  > IRF au Lycée Descartes de Rabat (Maroc) 
• Zone Moyen-Orient  > IRF au Lycée Louis-Massignon d'Abu Dhabi (Émirats Arabes Unis) 
• Zone Océan Indien   > IRF au Lycée français de Tananarive (Madagascar)
• Zone Péninsule Ibérique    > IRF au Lycée français de Barcelone  (Espagne)
• Zone Proche-Orient > IRF au Collège protestant français de Beyrouth  (Liban)