Au déclenchement de la crise actuelle au Soudan, l’ambassade de France a pris la décision de fermer l’École française internationale de Khartoum, établissement conventionné avec l’AEFE, jusqu’à nouvel ordre. Cet établissement compte deux personnels détachés par l’AEFE, 18 personnels recrutés localement et 86 élèves.
 
La cellule de crise de l’AEFE, activée dès le lundi 17 avril, s’est réunie à quatre reprises sous l'autorité du directeur général adjoint, officier de sécurité de l’AEFE. Elle est en liaison étroite avec la cellule de crise du ministère de l’Europe et des Affaires étrangères. Elle a été ensuite en lien direct et quotidien avec les deux personnels détachés, notamment la directrice d’école, elle-même en communication régulière avec les familles et les personnels de l’établissement.
 
Le 26 avril 2023, dans le cadre de l’opération d’évacuation des ressortissants français au Soudan mise en place par la France, sept membres du personnel de l’École française internationale de Khartoum ont atterri à Paris dans un vol affrété par le Centre de crise et de soutien (CDCS) du ministère de l’Europe et des Affaires étrangères. Parmi ceux-ci, les deux personnels détachés, trois autres personnels de nationalité française et deux personnels d’autres nationalités. Des représentants de l’AEFE étaient présents à l’aéroport pour les accueillir.
 
L’AEFE poursuit son accompagnement et son soutien à l’établissement ainsi qu’un suivi individualisé des personnels et des élèves, en lien avec la directrice d’école. Une cellule d’écoute psychologique est mise à la disposition de tous les personnels de l’établissement.
 
Tous les personnels de l’AEFE témoignent leur solidarité avec les personnels, élèves et familles de l’École française internationale de Khartoum.